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在很多方面而言，明帝国的屯田方式更多是以卫所制度为主。
朱元璋在驱逐元帝国之后，就正式确立起卫所制度在明帝国的大范围实施。
尽管卫所制度并非朱元璋所开创，但是以元帝国的部分程度的实施以及朱元璋自身的相应考虑，毫无疑问的是朱元璋认为卫所制度有着对于初生的明帝国的必要性。
但是毫无疑问的一点，那就是在很多方面而言，卫所制度与其说是一种新的制度，还不如说是其主要是在府兵制这一种已经从历史上消亡的军队征募方式的改良。
朱元璋制定卫所制度的根本是寓军于民，但是从相应记载来看，朱元璋的卫所制度在其死前事实上已经逐渐败坏：
在一开始明代的卫所制，以军屯保证其自给自足，由世袭保证士兵来源，所以封闭、保守是其突出特点。明代大多数卫所，都建立了完备的军屯制度，卫所军士部分守城，部分屯种，要求基本上做到自给自足。
卫所制的这一特点，是与明初特定的历史条件相适应的。多年战乱，使明初出现了大量荒闲土地，政府得以进行土地的再分配，把大量土地直接划归卫所管辖，军屯有充分的保证。“军士屯田是古代中国政府解决军队后勤补给的主要措施。
明初，由于常年战乱的影响，经济凋敝，百废待兴丞需征薄赋行轻徭，与民休息。指望百姓赋税供养庞大军队是不可能的，自养是唯一的办法。为了供养庞大的军队。明朝政府承袭了元代军屯的遗产，并将之扩大化，在全国绝大多数卫所开展屯田，力求实现军粮自给。”但永乐晚期，军屯制度已开始遭到破坏。
宣德以后，卫所官侵占军屯田地、私役军士耕种之事，已频频发生。甘肃、宁夏可行水灌溉的良田沃土，皆为镇守官及官豪横官旗所占。大同参将曹俭，占应州等处庄田一50余顷，又私役大同诸卫军百余人耕种。结果是贫穷军士，无寸地可耕，妻子冻馁，人不聊生。
卫所是建立在屯田之上的，屯田可谓卫所存在的一个经济基础。如果“军伍销耗，耕者无人，则屯粮不足。又增以客兵，坐食者众，屯粮更为不足。于是益之以民粮，又益之以盐粮，又益之以京运，卫所之制始破坏矣”。
屯田是一种国有土地，随着明代社会发展，由于抛荒、豪强地主霸占、租佃典卖等因素屯田渐渐转为私有，卫所失去了赖以存在的土地，衣食无保证。加之部分军士转而占据耕地，不在作战，也不利卫所的发展。
社会经济的发展，也使卫所制下严格的人身束缚开始松动。明朝卫所军士别立户籍，称军籍。军籍和民籍的区分是极为严格的。军籍属于都督府，民籍属于户部。卫所军士不受普通行政官吏的管辖，在身份、法律和经济地位上都与民不同，军和民截然分开。民户有一丁被垛为军，他的一家便永远充军，住在被指定的卫所。
在卫军士除本身为正军外，其子弟称为余丁或军余，将校的子弟称为舍人。壮丁死亡或老病，便由次丁或余丁替代。如果卫所军士一家已全部死亡，那就必须到原籍勾取族人顶丁。洪武二十一年，为了使卫所军有稳定的数额，开始编造军籍黄册，并规定同赋役黄册一样，每十年编订一次，以防军民户籍的紊乱，军籍世袭，民户一经签派为兵，就永远不能脱籍。军籍成为卫所军士世世代代的枷锁，军士无力挣脱，便以逃亡的方式进行反抗。
从卫所制建立之初，逃亡现象即已存在。朱元璋令天下诸司追捕这些逃亡军士，并于洪武四年，严定罚例，从小旗至千户，以逃亡人数多寡定罚俸降级不等。此后，逃亡人数有增无减。嘉靖8年，桂萼上天下兵籍，仅97万。至胡松考舆地，又止而已。而天下卫所军士的总额，估计在300余万。
有鉴于此，从宣德时期起，明廷每年派出清军御史，分道清理逃军。各卫所也纷纷派人到逃亡军士的原籍勾丁。终明之世，卫所制不废，清勾亦始终举行，但依然是没有用的。很多军士逃走后，在外娶妻生子，住成家业，通同军户，不再返回。
卫所越发军备废弛，“建炎元年知县事绍兴。初建剑盗蜂起，正练兵屯守弓手余招酗酒，曜马入队，队长不能止，正即斩狗部下”。
卫所制的废弛，使军队的战斗力明显下降，甚至难以承担其正常的军事职能。明代军队的建置，在京城及边地安置了大量军队，尤以京军人数众多，装备精良，以期起到居重驭轻的作用，京军的情况便很有代表性。
京营军士78卫，人数不下30万。皇城周围又设置50余卫，军士20余万。京军在全国军事防卫中地位举足轻重。在当时江南军士多用于漕运，江北军士多作为班军，进京操备，致使腹里卫所城池空虚，遇警则力不能支，只能倚靠京军的支援。边军人数虽多，但分路把守，势分力单，一旦有警，亦需京军支持。
京军的居重驭轻的地位并没有保持多久，土木之变，明英宗率50万京军出征，几乎全军覆没。正德时，刘六、刘七起义，威胁京城，京军已无能为力，不得不调边兵入援。到嘉靖时，卫所军出现了一碰即溃的局面，而只能募兵征战了。
京军已因不习战阵，恐伤国威而不轻易派遣了。由此可以看出，当时的卫所制，地位上其实在处于一种下降的趋势。
对卫所制实存的弊端，当时的很多有识之士也有了认识。但扭转这种境况的策略却不甚得力。京营从于谦把三大营变为十团营，此后营制纷更不定，而京营状况并未有多大改善。但在对卫所的被动调整和变革中，有一些值得注意的倾向。如提高将领权力的做法和改银召募的尝试，这些变革多少触及了卫所制的实质性问题。
明太祖分府设将，明成祖分营统兵，以避免历代强臣握权重兵的隐患。京营制度的改革，也表明了明代试图调整卫所制下兵士终身服役所造成的老弱疲羸充斥行伍的状况。从三大营变为十团营以后，精锐士卒被编入团营，老弱不堪者归本营，称老家，专供役使。但老家制度仅行于京营，这就使卫所的状况不能得到根本改善。
改银召募的办法，更是大胆地突破了卫所制的世袭传统。这在班军中，表现得最为典型。
班军之设，始于永乐。承平日久，班军渐渐被用于兴作，操练日减乃至全废。正德以后班军作役已成为普遍现象。军卒因畏惧劳作而愆期不至。虽严定罚例，仍不能禁止。班军将领又畏惧因士卒失期逃亡而被治罪，便私自募人代役。
京操班军由于地处京师，土木之役较多，权贵及有司俱以班军作役为利，所以改银召募之议难以顺利实行，况且16万班军尽数撤还，京师也未免空虚无靠。边班官军则相对灵活些。
永乐年间命内地军轮番戍边，称边班。戍边班军虽不像京班官军全部用于输作，但由于戍地遥远，又多寒苦，更代也多不及时，逃亡现象也很严重，故多用召募的方法。召募的士兵，无论在人身自由、薪俸还是服役时间上待遇都比卫所军士要好，这也使得卫所内部出现了外走倾向，卫所制也由此受到了很大的冲击。另外，明朝设五军都督府来统率全国的司、卫、所。
但是其中的任何一个都督或都督府都无权调兵。五军都护府与兵部是相互制约的，兵部又出兵之令而无统兵之权，五军都护府有统兵之权而无处兵之令。有军事行动时，要等兵部下令才能遣将调兵，这样虽然可以防止大权旁落，但另一方面它也使得明朝军队作战时指挥不灵，没有效率。
而且作战将领都是临时任命的，战后兵散于府，将归于朝，将领对自己的士兵也不够了解，相互之间缺乏感情。这些对作战都是相当不利的。“处于控制兵权的需要，卫所长官只有训练的义务，没有调动的权力。在当时落后的通讯条件下，卫所军队几乎完全丧失了根据当地国防形势的变化作出快速反应的能力。
募兵出现于朱元璋起兵创建明王朝时期，明王朝建立后，创行卫所制，军队的来源已有保证，基本不再采用募兵的方式了。但卫所中的某些特殊组织，仍由召募得兵，如骁骑舍人、校尉、力士等。这些士卒隶于锦衣卫，不同于一般的卫所军。如前所说：在明代，军和民是不同的，“军是一种特殊的制度，自有军籍，在明代户口中，军籍和民籍、匠籍平行，军籍属于都督府，民籍属于工部。军不受普通行政官吏的管辖，在身份、法律和经济地位上都和民不同，军和民是截然分开的。军是世袭的，家族的，固定的。一经为军，他的一家系便永远世代充军，住在被指定的卫所”。而且在役正军老疾或逃亡时，还要到原籍勾取，继了补役，若正军一家全部亡绝。则到原籍勾取其族人顶充。执行所谓的“勾军”，这样。卫所军户的世世代代，就被固定到了卫所。相比之下，募兵的处境要好很多。募兵无特殊户籍、领饷银、不世袭，也无固定驻地。加之当时的卫所军备废弛，战事吃紧，募兵制就渐渐的发展起来了。
洪武、永乐时期，边境局势相对稳定。朱元璋时期，明军多次北征，基本上解除了蒙古势力的威胁，并在北边部署重兵，积极进行边防建设。永乐时期，国力强盛，边防甚重，又六次北伐，以攻为守，故明前期边患不重，也无须为此募兵。仁宣时期，鞑靼势衰，明朝的边防政策，亦转攻为守，维持和平。
正统时期，这种相对稳定的局面由于蒙古瓦剌部的兴起而发生了变化。
正统十四年，也先发兵内侵，明英宗率兵亲征，全军覆没。从此明王朝进入了中后期战乱频仍的时代，狼烟四起，边患迭兴，兵力不敷，不得不募兵为用。中就有募兵的记载：“新县治置田养士开封，盗起，民多敌意，乃募壮兵固守，贼始终不敢犯”。这也可以看出，当时的募兵虽不是最主要的军士，但他们也有了很好的战斗力。而且，时常被动荡的社会所需要。
如果说洪武永乐时期的募兵是对当时兵制的一些小修小补，仅为一时之需，那么宣德以后的募兵则与明初有所不同，伴随着边境紧张局势的步步升级，卫所制的日益废弛，募兵便作为兵力的重要来源而受到越来越普遍的关注。
宣德以后的募兵，多由于边境战争频发、兵力不敷而进行。
土木之变后，京军溃散几尽，各地的勤王兵又不能即刻到达明王朝于是派官募兵，这样也就出现了大规模的募兵。正统十四年，令各处召募民壮，就令本地官司统令操练，遇警调用。在诸边镇，则召募土兵。
景泰元年九月，遣官于延绥诸镇各召募土兵5000人。天顺元年八月，亦选沿边民丁为土兵。这些募兵的待遇：给与鞍马器械，秋冬操练，支与口粮，春夏务农住支。免其杂泛差役。如有事故，不许勾补。
嘉靖时期，南倭北虏，边患严重。募兵作为救急良策而被广泛采用，这是募兵制发展的一个新阶段。“嘉靖中叶，‘南倭北虏‘肆虐，明军的弊端彻底暴露，明廷采取了诸如加大募兵力度、改革武举等一系列提高军事实力的措施，才勉强顶住了外来压力。”
此时的募兵制不仅行于东南沿海，而且北边的边军乃至京营，也逐渐用募兵来代替和补充卫所军。卫所制受到的挑战和威胁也越来越大，在明朝的军队中占有相当大的比重。东南沿海倭患时，使用了大量募兵，人数不下10万。募兵从此成为明朝军队的重要组成部分。
……
而在某个意义上，卫所制度的失败，事实上也是明帝国的军屯制度失败的体现。而“府兵制度”再次被“募兵制度”所取代，也算得上是一种历史的轮回。
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